（一）办公室： 协助局领导对各股工作进行综合协调，组织机关日常工作；负责机关文秘档案、政务信息、会议组织、宣传报道、信访、保密保卫等行政事务管理工作和局党委会日常工作；负责机关和局直属单位党建党务、工、青、妇、计划生育工作；负责机关和下级单位人事、机构编制、教育培训、劳动工资、离退休干部管理工作；履行纪检、监察两项职能，负责本单位的纪检监察工作，指导下级单位的纪检监察业务；管理安全工作。
（二）计划财务股： 拟订水利建设中长期发展计划，落实年度水利工程计划；协助组织水利工程建设项目的立项和申报；参加年度水利工程项目的竣工验收；负责综合统计工作和行业财务管理及水利公益性资产管理工作；监督水资源费、河道采砂管理费、河道占用费、水费、堤防费的征收和使用工作；指导、监督水利国有资产管理工作和局直属单位的财务工作；负责水利资金管理使用情况和水利工程项目建设管理情况的内部审计、监督；指导、监督水利行业的内审工作；指导水利综合经营工作。
（三）水政水资源股： 负责水资源统一管理和保护工作；负责宣传贯彻水利的各项法规，依法治水管水，维护水事正常活动；负责全区水资源的规划、开发利用、调配、保护和法制管理工作，实施取水许可证制度和水资源费征收制度；负责处理水事纠纷，水事案件的复议、裁决、应诉，清除行洪障碍、处理违章建筑。拟订我区水政、水资源方面的管理规定。制订水长期供求及其水量分配计划；负责节约用水、城市供水水源规划和水资源的调查评价、水质监测工作。
（四）工程管理股： 负责全区水利工程管理的技术管理和运行管理；负责制订全区堤围、船闸、水闸、水库、电排站等水利工程的安全达标加固、险段整治项目的计划和方案，协助对设计文件进行技术审批工作；参与质量监督工作；负责全区电排工程水费标准的核订、计收、管理和使用；负责全区电排工程的规划及协调管理工作；参加年度水利工程竣工验收；对全区河道堤防、河滩及堤防护堤地范围内的建设项目进行审核、审批工作。拟订水土保持规划、措施并组织实施；指导水利基层单位的队伍建设。
（五）建设股： 组织编制江河流域综合规划和专项规划；组织、协调水利工程的立项和建设管理；负责工程设计文件审核、审批；管理水利建设市场，负责监督指导工程招投标、建设监理、合同管理和工程质量监督。负责水利工程项目建设实施的管理，组织水利工程项目的竣工验收；拟订水利科学技术推广和专业技术人员继续教育计划；负责科技成果的推广工作。